PHÂN TÍCH ĐA DẠNG DI TRUYỀN MẪU GIỐNG LÚA CANH TÁC NHỜ NƯỚC TRỜI BẰNG CHỈ THỊ SSR

Ngày nhận bài: 05-06-2025

Ngày xuất bản: 13-06-2025

DOI: https://doi.org/10.31817/tckhnnvn.2012.10.1.

Lượt xem

0

Download

0

Số: Tập 10 Số 1 (2012)

Chuyên mục:

NÔNG HỌC

Cách trích dẫn:

Hiền, V., & Cường, P. (2025). PHÂN TÍCH ĐA DẠNG DI TRUYỀN MẪU GIỐNG LÚA CANH TÁC NHỜ NƯỚC TRỜI BẰNG CHỈ THỊ SSR. Tạp Chí Khoa học Nông nghiệp Việt Nam, 10(1). https://doi.org/10.31817/tckhnnvn.2012.10.1.

PHÂN TÍCH ĐA DẠNG DI TRUYỀN MẪU GIỐNG LÚA CANH TÁC NHỜ NƯỚC TRỜI BẰNG CHỈ THỊ SSR

Vũ Thị Thu Hiền (*) 1 , Phạm Văn Cường 1

  • Tác giả liên hệ: [email protected]
  • 1 Khoa Nông học, Trường Đại học Nông nghiệp Hà Nội

    • Từ khóa

    Chỉ thị phân tử SSR, đa dạng di truyền, lúa

    Tóm tắt


    Mục đích của thí nghiệm nhằm phân tích đa dạng di truyền của 64 dòng/ giống lúa đang canh tác trong điều kiện nhờ nước trời thông qua sự có mặt và mức độ đa hình của các chỉ thị phân tử SSR. Bằng việc sử dụng 34 chỉ thị phân tử SSR, có 8 chỉ thị không cho xuất hiện vạch ở tất cả các dòng/ giống và 2 chỉ thị xuất hiện vạch đơn hình. Hai mươi tư chỉ thị còn lại xuất hiện đa hình với tổng số 90 allen chiếm tỷ lệ trung bình 3,75 allen trên một locus. Kết quả phân tích đa dạng di truyền với hệ số tương đồng là 0,65 đã phân chia nguồn vật liệu thành 7 nhóm chính. Số lượng lớn các dòng/ giống thuộc hai nhóm có hai giống đối chứng chịu hạn là CH5 và LC93-1. Kết quả này bước đầu cho thấy các dòng/ giống có khả năng chịu hạn tương tự như hai giống đối chứng thông qua biểu hiện ở cấp độ phân tử DNA. Thông tin các chỉ thị SSR đa hình giữa các dòng/ giống rất có giá trị trong chọn giống lúa chịu hạn nhờ chỉ thị phân tử.

    Tài liệu tham khảo

    Alba A., L. F. Jorge, P. Violeta, J. G. Pedro, M. Leonor, C. D. Miriam, G. Gerardo and M.T. Joe (2007). Genetic diversity analysis of Cuban traditional rice (Oryza sativa L.) varieties based on microsatellite markers. Genetics and Molecular Biology, Vol. 30, No. 4, 1109 - 1117.

    Babu R.C., B. D. Nguyen, V. Chamarerk, P. Shanmugasundaram, P. Chezhian, P. Jeyaprakash, S. K. Ganesh, A. Palchamy, S. Sadasivam, S. Sarkarung, L. J. Wade, H. T. Nguyen (2003). Genetic analysis of drought resistance in rice by molecular markers: association between secondary traits and field performance. Crop Science 43, 1457 - 1469.

    Beena (2005). Studies on physio-morphological traits and genetic markers associated with drought response in rice (o. sativa). PhD thesis. Tamil Nadu Agricultural University, Coimbatore, India.

    Brondani C., T.C.O. Borba, P.H.N. Rangel, R.P.V. Brondani (2006). Determination of genetic variability of traditional varieties of Brazilian rice using microsatellite markers. Genetics and Molecular Biology, Vol. 29, No. 4, 676 - 684.

    DeWoody J. A., R. L. Honeycutt, L. C. Skow (1995). Microsatellite markers in white-tailed deer. J. Hered 86, 317 - 319.

    Doyle, JJ. and JL. Doyle. 1987. A rapid DNA isolation procedure for small quantities of fresh leaf tissue. Phytochem Bull 19: 11-15.

    Đặng Quý Nhân (2009). Lập bản đồ QTLs (Quantitative trait loci) cho một số tính trạng rễ lúa (Oryza sativa L.) liên quan đến khả năng chịu hạn. Báo cáo khoa học Hội nghị Công nghệ sinh học toàn quốc 2009. Nhà xuất bản Đại học Thái Nguyên, trang 279 - 283.

    FAO (1993). The State of Food and Agriculture 1993. Rome, FAO Agriculture Series, No. 26

    Ghneim H. T., D. D. Possso, A. I. Perez, N. G. Torrealba, (2008). Assessment of genetic diversity in Venezuelan rice cultivars using simple sequence repeats markers. Electronic Journal of Biotechnology, Vol. 11, No 5.

    IRGSP (2005). International Rice Genome Sequencing Projects. The map based sequence of the rice genome. Nature, vol 436, No. 7282.

    Jayamani P., S. Negrao, M. Martins, B. Macas, M.M. Oliveira (2007). Genetic relatedness of Portuguese rice accessions from diverse origins as assessed by microsatellite marker. Crop Science, Vol. 47, No. 2, 879 - 886.

    Jearakongman S. (2005). Validation and discovery of quantitative trait loci for drought tolerance in backcross introgression line in Rice (Oryza sativa L.) Cultivar IR64. PhD thesis, Kasetsart University. p. 95.

    Jian S., Jian, K. Rajinder, S. R. McCouch (2004). Genetic analysis of Indian aromatic and quanlity rice (Oryza sativa L.) germplasm using panels of fluorescently-labeled microsatellite markers. Theoretical and Applied Genetics, Vol. 109, No. 5, 965 - 977.

    Lanceras J. C., G. Pantuwan, B. Jongdee, T. Toojinda (2004). Quantitative trait loci associated with drought tolerance at reproductive stage in rice. Plant Physiology 135. 384 - 399.

    Liu G., H. W. Mei, X. Q. Yu, G. H. Zou, H. Y. Liu, S. P. Hu, M. S. Li, J. H. Wu, L. Chen, L. J. Luo (2008) QTL analysis of panicle neck diameter, a trait highly correlated with panicle size, ubder well-watered and drought conditions in rice (Oryza sativa L.). Plant Science 174, 71 - 77.

    Lu H., M. A. Redus, J. R. Coburn, J. N. Rutger, S. R. McCouch, T. H. Tai (2005). Population structure and breeding patterns of 145 US rice cultivars based on SSR marker analysis. Crop science, Vol. 45, 66 - 67.

    McCouch S. R., L. Teytelman, Y. Xu, K. B. Lobos, K. Clare, et. al. (2002). Development of 2240 new SSR markers for rice (Oryza sativa L.). DNA research, Vol. 9, No. 6, 199 - 207.

    Ni J., Colowit , M. Peter and Mackill, J. David (2002). Evaluation of genetic in rice sub species using microsatellite markers. Crop Science, Vol. 42, No. 2, 601 - 607.

    Nguyễn Tấn Hinh, Trương Văn Kính, Vũ Thị Hằng, Trần Nguyên Tháp (2005). Giống lúa chịu hạn CH208. Tạp chí Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, số 21, trang 23 - 25.

    Ravi M., S. Geethanjali, F. Sameeyafarheen and M. Maheswaran (2003). Molecular marker based genetic diversity analysis in rice (Oryza sativa L.) using RAPD and SSR markers. Euphytica, Vol. 113, No. 2, 243 - 252.

    Saini N., N. Jain, S. Jain and R. Jain (2004). Assessment of genetic diversity within and among Basmati and non-Basmati rice varieties using AFLP, ISSR and SSR markers. Euphytica, Vol. 140, No. 3, 133 - 146.

    Shen L. B., K. Courtois, S. McNally, McCouch and Z. Li (1999) Developing near-isogenic lines of IR64 introgressed ưith QTL for deeper and thicker roots through marker-aided selection. Pp. 275-292. In OToole C. J., Ito and B. Hardi (eds.) Genetic Improvement of Rice for Water-Limited Environments. International Rice Research Institute. Los Banos, Philippine.

    Siwach P., S. Jain, N. Saini, V. K. Chowdhury and R. K. Jain (2004). Allelic diversity among Basmati and non-Basmati long-grain indica rice varieties using microsatellite markers. Journal of Plant Biochemistry and Biotechnology, Vol. 13, No. 1, 25 - 32.

    Temnykh S., W. D. Park, N. Ayres, S. Cartinhour, N. Hauck, L. Lopovich, Y. G. Cho (2000). Mapping and genome organization of microsatellite sequence in rice (Oryza sativa L.). TAG., Vol. 100, No. 5, 697 - 712.

    Thomson M. J., E. M. Septiningihn, F. Suwardjo, T. J. Santoso, T. S. Silitonga and S.R. McCouch (2007). Genetic diversity analysis of traditional and improved Indonesia rice (Oryza sativa L.) germplasm using microsatellite markers. TAG., Vol. 114, 559 - 568.

    Trần Danh Sửu, Nguyễn Thị Lan Hoa, Hà Minh Loan, Ngô Kim Hoài, Bùi Thị Thu Giang, Hoàng Thị Huệ, Hà Thị Xuân Mai, Nguyễn Thị Tuyết (2011). Nghiên cứu đa dạng di truyền các giống lúa địa phương tỉnh Lào Cai bằng chỉ thị ADN. Báo cáo khoa học, Trung tâm Tài nguyên Di truyền thực vật. (http://www.pgrvietnam.org.vn/index.asp?m=08&ClassID=2&bydate=&page=1&layID=318)

    Weir BS. (1996). Genetic data analysis II, 2nd ed. Sunderland, Massachusetts, Sinauer Associates: 377.

    Xu Y., H. Beachell and S.R. McCouch (2004). A marker-based approach to broadening the genetic base of rice in the USA. Crop Sci. 44, 1947 - 1959.

    Xu J. L., H. R. Lafitte, Y. M. Gao, B. Y. Fu, R. Torres, Z. K. Li (2005) QTLs for drought escape and tolerance identified in a set of random introgression lines of rice. Theoretical Applied Genetics 111, 1642 - 1650. www.gramene.org

    Zhang J., R. C. Babu, G. Pantuwan, A. Kamoshita, A. Blum, L. J. Wade, S. Sarkarung, J. C. O Toole, H. T. Nguyen (1999) Molecular dissection of drought tolerance in rice: from physio-morphological traits to field performance. In: Ito O., O Toole, J. Hardy B (Eds). Genetic Improvement of Rice for Water-limited Environments. Proceedings of the Workshop on Genetic Improvement of Rice for Water-limeted Environments. International Rice Research Institute. Los Banos, Philippines, December 1 -3, 1998, pp. 331 - 343.

    Zou G. H., H. W. Mei, H. Y. Liu, G. L. Liu, S. P. Hu, X. Q. Yu, M. S. Li, J. H. Wu, L. J. Luo (2005) Grain yield responses to moisture regimes in a rice population: association among traits and genetic markers. Theotetical Applied Genetics 112, 106 - 113.