XÂY DỰNG QUY TRÌNH ĐỊNH DANH CÁ TRA (Pangasianodon hypophthalmus) BẰNG PHƯƠNG PHÁP HÌNH THÁI VÀ SINH HỌC PHÂN TỬ

Ngày nhận bài: 02-07-2025

Ngày xuất bản: 03-07-2025

DOI: https://doi.org/10.31817/tckhnnvn.2017.15.7.

Lượt xem

0

Download

0

Số: Tập 15 Số 7 (2017)

Chuyên mục:

CHĂN NUÔI – THÚ Y – THỦY SẢN

Cách trích dẫn:

Hà, T., Hằng, T., Hương, N., & Thủy, N. (2025). XÂY DỰNG QUY TRÌNH ĐỊNH DANH CÁ TRA (Pangasianodon hypophthalmus) BẰNG PHƯƠNG PHÁP HÌNH THÁI VÀ SINH HỌC PHÂN TỬ . Tạp Chí Khoa học Nông nghiệp Việt Nam, 15(7). https://doi.org/10.31817/tckhnnvn.2017.15.7.

XÂY DỰNG QUY TRÌNH ĐỊNH DANH CÁ TRA (Pangasianodon hypophthalmus) BẰNG PHƯƠNG PHÁP HÌNH THÁI VÀ SINH HỌC PHÂN TỬ

Trần Thị Thúy Hà (*) 1, 2 , Trần Nguyễn Ái Hằng 1, 2 , Nguyễn Thị Hương 1, 2 , Nguyễn Thị Thu Thủy 1, 2

  • Tác giả liên hệ: [email protected]
  • 1 Viện Nghiên cứu Nuôi trồng Thủy sản 1
  • 2 Viện Nghiên cứu Nuôi trồng Thủy sản 2

    • Từ khóa

    COI, Cyt b, định danh, hình thái, giải trình tự, Pangasianodon hypophthalmus

    Tóm tắt


    Để kiểm định chính xác cá Tra (Pangasianodon hypophthalmus), việc kết hợp hai phương pháp định danh bằng hình thái và sinh học phân tử là cần thiết. Phương pháp định danh bằng hình thái học đã nhận dạng được chính xác các mẫu thuộc loài cá Tra trong họ cá Pangasiidae dựa vào số gai lưng, số tia vây bụng, vây ngực.... Bên cạnh đó, phân tích trình tự gen ty thể cytochrome c oxidase I (COI) và cytochrome b (Cytb) kết hợp với những phần mềm chuyên dụng cho kết quả về định danh loài với độ tin cậy cao, góp phần hỗ trợ phương pháp phân loại hình thái. Để chứng minh tính hiệu quả của phương pháp kiểm định, trong nghiên cứu này, trình tự gen COI và Cytb của 30 mẫu cá Tra thu ở 2 tỉnh An Giang và Bến Tre thể hiện tính đặc trưng và có độ tương đồng tới 99-100% với trình tự ADN của loài cá Tra có tên khoa học là P. hypophthalmus trên ngân hàng gen (Genbank). Kết quả này khẳng định tính ưu việt và sự cần thiết của việc kết hợp hai quy trình kiểm định hình thái học và sinh học phân tử.

    Tài liệu tham khảo

    Azlina, Z.M., Daud, S.K., Siraj, S.S., Aliabadian M. and Moghaddam, F.Y. (2013). Molecular phylogeny of Malaysian Pangasiid based on cytochrome C oxidase I (COI) DNA sequences.

    Docker, M.F. and Heath, D.D. (2003). Genetic comparison between sympatric anadromous steelhead and freshwater resident rainbow trout in British Columbia, Canada. Conservation Genetics, 4: 227-231.

    Eschmeyer W.N. (1998). Catalog of Fishes - California Academy of Sciences, USA.

    Fishbase. Truy cập ngày 5/7/2015 tại www. Fishbase.org.

    Hebert, P.D.N., Cywinska, A., Ball, S.L. and deWaard, J.R. (2003). Biological identifications through DNA barcodes. Proceedings of the Royal Society of London. Series B: Biological Sciences, 270: 313-321.

    Hebert, P.D.N., Ratnasingham, S. and de Waard, J.R. (2004). “Barcoding animal life: cytochrome c oxidase subunit 1 divergences among closely related species”, Proceeding of the Royal Society Part B: Biological Sciences, 270(1): 96 - 99.

    Hellberg, R.S. and Morrissey M.T. (2011). Advances in ADN-based techniques for the detection of seafood species substitution on the commercial market Part B: Biological Sciences, 270(1512): 313-322.

    Hubert, N., Hanner, R., Holm, E., Mandrak, N.E., Taylor, E., Burridge, M., Watkinson, D., Dumont, P., Curry, A., Bentzen, P., Zhang, J., April, J. and Bernatchez, L. (2008). Identifying Canadian freshwater fishes through DNA barcodes. Plos ONE 3e2490 -2490.

    Kartavtsev, Y.P. and Lee, J.S. (2006). Analysis of nucleotide diversity at genes Cyt-b and Co-1on population, species and genera levels. Applicability of DNA and allozyme data in genetics of speciation. Russ. J. Genet., 42: 341-362.

    Mai Đình Yên, Nguyễn Văn Trọng, Nguyễn Văn Thiện, Lê Hoàng Yến và Hứu Bạch Loan (1992). Định loại cá nước ngọt Nam bộ. Nhà xuất bản Khoa học và Kỹ thuật, Hà Nội, 343 trang.

    Marko, P.B., Lee, S.C., Rice, A.M., Gramling, J.M., Fitzhenry, T.M., McAlister. J.S., Harper, G.R. and Moran, A.L. (2004). Fisheries: Mislabeling of a depleted reef fish. Nature, 430: 309-310.

    Nguyễn Đức Bách, Nguyễn Minh Khuyến, Ngô Thanh Hương và Nguyễn Thị Mai (2016). Phân loại cá chim vây vàng bằng đánh giá hình thái và phân tích trình tự gen ti thể MT-COI. Báo cáo khoa học về nghiên cứu và giảng dạy sinh học ở Việt Nam, Hội nghị khoa học toàn quốc lần thứ hai, Đà Nẵng.

    Nguyễn Phương Thảo và Dương Thúy Yên (2015). So sánh đặc điểm hình thái và DNA mã vạch của hai loài cá bống trân Butis butis và Butis humeralis. Tạp chí khoa học, Đại học Cần Thơ, 40: 23-30.

    Nguyễn Văn Hảo (2005). Cá nước ngọt Việt Nam, tập II, Nhà xuất bản Nông nghiệp, Hà Nội.

    Norton, S.F., Luczkovich, J.J. and Motta, P.J. (1995). The role of ecomorphological studies in the comparative biology of fishes. Environment. Biology. Fish, 44: 287-304.

    Pouyaud, L., Teugels, G.G., Gustiano, R. and Legendre, M. (2000). Contribution to the phylogeny of pangasiid catfishes based on allozymes and mitochondrial DNA. Journal of Fish Biology, 56: 1509-1538.

    Quyen, H.D.V., Phuong, T.T.L., Oanh, T.T., Thuoc, T.L. and Binh, D.T. (2015). Phylogenetic relationships of of Freshwater Fish in Vietnamese Mekong. International conference on biological, environment and food engineering (BEFE), Singapore, May 15-16, 2015.

    Rainboth W.J. (1996). Fishes of the Cambodian Mekong FAO.

    So Nam, Eric Baran and Leng Sy Vann (2011). Identification key to Pangasiid catfishes in Cambodia.

    Steinke, D., Zemlak, T.S., Boutillier, J.A. and Hebert, P.D.N. (2009). DNA barcoding of Pacific Canada’s fishes. Mar Biol., 156: 2641-2647.

    Tamura, K., Stecher G., Peterson D., Filipski A. and Kumar S. (2013). MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 6.0. Molecular Biology and Evolution, 30: 2725-2729.

    Wainwright, P.C. (1996). Ecological explanation through functional morphology: the feeding biology of sunfishes. Ecology, 77: 1336-1343.

    Ward, R.D., Zemlak, T.S., Innes, B.H., Last, P.R. and Hebert, B.D.N. (2005). DNA barcoding Australia’s fish species. Philosophical Transactions of The Royal Society B: Biological Scienses, 360: 1847-1857.

    Wang M., Yang J.X. and Chen X.Y. (2013). “Molecular phylogeny and biogeography of percocypris (cyprinidae, teleostei)”, PloS One 8, e61827.

    Wolf, C., Burgener, M., Hübner, P. and Lüthy, J. (2000). PCR-RFLP analysis of mitochondrial DNA: differentiation of fish species. LWT-Food Science and Technology, 33: 144-150.

    Xu, H., Zhang, Y., Xu, D., Lou, B., Guo, Y., Sun, X. and Guo, B. (2014). Genetic population structure of miiuy croaker (Miichthys miiuy) in the Yellow and East China Seas base on mitochondrial COI sequences. Biochemical Systematics and Ecology, 54: 240-246.