ĐÁNH GIÁ VÀ LỰA CHỌN BỘ MỒI RT-PCR PHÙ HỢP  CHO PHÁT HIỆN WATERFOWL REOVIRUS

Ngày nhận bài: 03-03-2026

Ngày duyệt đăng: 05-05-2026

Ngày xuất bản: 28-07-2026

Lượt xem

0

Download

0

Chuyên mục:

CHĂN NUÔI – THÚ Y – THỦY SẢN

Cách trích dẫn:

Ngọc, V., & Lệ, H. (2026). ĐÁNH GIÁ VÀ LỰA CHỌN BỘ MỒI RT-PCR PHÙ HỢP  CHO PHÁT HIỆN WATERFOWL REOVIRUS. Tạp Chí Khoa học Nông nghiệp Việt Nam, 24(7), 906–917. https://doi.org/10.31817/tckhnnvn.2026.24.7.03

ĐÁNH GIÁ VÀ LỰA CHỌN BỘ MỒI RT-PCR PHÙ HỢP  CHO PHÁT HIỆN WATERFOWL REOVIRUS

Vũ Thị Ngọc 1 , Huỳnh Thị Mỹ Lệ (*) 1

  • Tác giả liên hệ: [email protected]
  • 1 Khoa Thú y, Học viện Nông Nghiệp Việt Nam
  • Từ khóa

    Waterfowl reovirus, mồi, đánh giá, lựa chọn, RT-PCR

    Tóm tắt


    Trong xét nghiệm sinh học phân tử, đặc tính của mồi, bao gồm mức phù hợp với trình tự đích và xu hướng hình thành cấu trúc thứ cấp, ảnh hưởng trực tiếp đến hiệu quả PCR. Tuy nhiên, trong xét nghiệm waterfowl reovirus (WRV), những yếu tố này hiện ít được quan tâm. Nghiên cứu này được thực hiện nhằm đánh giá chất lượng hai cặp mồi RT-PCR DRV.320F/320R và DRV.368F/368R thông qua công cụ tin sinh học và thực nghiệm. Kết quả cho thấy DRV.368 có mức độ phù hợp trình tự cao hơn tại vùng 3′ và xu hướng hình thành cấu trúc thứ cấp thấp hơn so với DRV.320, đặc biệt ở mồi ngược. Phù hợp với các đặc điểm này, DRV.368F/368R duy trì khả năng khuếch đại ổn định trên dải điều kiện khảo sát rộng hơn và cho tỷ lệ phát hiện mẫu dương tính cao hơn khi xét nghiệm với 56 mẫu bệnh phẩm. Tính đặc hiệu của cả hai cặp mồi được xác nhận ở mức thiết kế và giải trình tự sản phẩm. Tổng hợp các kết quả cho thấy DRV.368F/368R là cặp mồi phù hợp hơn cho phát hiện WRV bằng RT-PCR trong điều kiện nghiên cứu hiện tại. 

    Tiểu sử Tác giả

    Huỳnh Thị Mỹ Lệ, Khoa Thú y, Học viện Nông Nghiệp Việt Nam

    PGS. TS. Huỳnh Thị Mỹ Lệ, trưởng Bộ môn Vi sinh vật -  Truyền nhiễm, Khoa Thú y, Học viện Nông nghiệp Việt Nam

    Tài liệu tham khảo

    Cao Y., Sun M., Wang J., Hu X., He W. & Su J. (2019). Phenotypic and genetic characterisation of an emerging reovirus from Pekin ducks in China. Sci Rep. 9(1): 7784.

    Đặng Hữu Anh, Nguyễn Văn Giáp & Huỳnh Thị Mỹ Lệ (2020). Một số kết quả nghiên cứu bước đầu về Tembusu virus trên địa bàn Hà Nội. Tạp chí Khoa học Kỹ thuật Thú y. 27(1): 22-28. Day J.M. (2009). The diversity of the orthoreoviruses: molecular taxonomy and phylogentic divides. Infect Genet Evol. 9(4): 390-400. Hall T.A. (1999). BioEdit: A User-Friendly Biological Sequence Alignment Editor and Analysis Program for Windows 95/98/NT. Nucleic Acids Symposium Series. 41: 95-98. Heffels-Redmann U., Muller H. & Kaleta E.F. (1992). Structural and biological characteristics of reoviruses isolated from Muscovy ducks (Cairina moschata). Avian Pathol. 21(3): 481-91. Huang C., Huang Y., Liu Z., Li J., Han J., Liu Y., Liu J., Chen H. & Chen Z. (2023). Isolation and characterization of a duck reovirus strain from mature ducks in China. Poult Sci. 102(2): 102345. Huang K., Zhang J., Li J., Qiu H., Wei L., Yang Y. & Wang C. (2024). Exploring the Impact of Primer-Template Mismatches on PCR Performance of DNA Polymerases Varying in Proofreading Activity. Genes (Basel). 15(2). Huang Q., Yang F., Yu J., Wei W. & Wu S. (2026). Novel duck reovirus: A comprehensive review of molecular pathogenesis and advances in diagnosis and vaccination. Poult Sci. 105(4): 106468. Jiang C., Lei D., Xu B., Wang Z., Fang R., Tang,Y. & Wang H. (2025). High-efficient molecular detection system termed RAA-based CRISPR-Cas13a for novel duck orthoreovirus. Poultry Science. 104(8): 105327. Katoh K., Rozewicki J. & Yamada K.D. (2019). MAFFT online service: multiple sequence alignment, interactive sequence choice and visualization. Briefings in Bioinformatics. 20(4): 1160-1166. Landis J.R. & Koch G.G. (1977). The measurement of observer agreement for categorical data. Biometrics. 33(1): 159-74. Liu H.J., Lee L.H., Hsu H.W., Kuo L.C. & Liao M.H. (2003). Molecular evolution of avian reovirus:: evidence for genetic diversity and reassortment of the S-class genome segments and multiple cocirculating lineages. Virology. 314(1): 336-349. Matthijnssens J., Attoui H., Banyai K., Brussaard C.P.D., Danthi P., Del Vas M., Dermody T.S., Duncan R., Fang Q., Johne R., Mertens P.P.C., Mohd Jaafar F., Patton J.T., Sasaya T., Suzuki N. & Wei T. (2022). ICTV Virus Taxonomy Profile: Spinareoviridae 2022. J Gen Virol. 103(11). Meagher R.J., Priye A., Light Y.K., Huang C. & Wang E. (2018). Impact of primer dimers and self-amplifying hairpins on reverse transcription loop-mediated isothermal amplification detection of viral RNA. Analyst. 143(8): 1924-1933.

    Nguyễn Văn Giáp, Đặng Hữu Anh, Cao Thị Bích Phượng, Nguyễn Thị Bích, Nguyễn Hữu Huân & Huỳnh Thị Mỹ Lệ (2019). Kết quả bước đầu phát hiện parvovirus gây bệnh ở vịt tại Hưng Yên năm 2019. Tạp chí Khoa học Nông nghiệp Việt Nam. 17(10): 816-825. Nhan P., Chien N.T.P., Ngu N.T., Nhu T.Q. & Khanh N.P. (2025). Whole-genome characterization and evolutionary analysis of a novel duck reovirus isolated from Cairina moschata in Vietnam. Vet World. 18(12): 4172-4183. Niu X., Zhang B., Yu X., Zhang X., Dou Y., Tang Y. & Diao Y. (2017). Preparation and evaluation of goose reovirus inactivated vaccine. BMC Vet Res. 13(1): 214. Qiu Q., Hu R., Liu Z., Yan L., Dai X., Xing C., Yang F. & Cao H. (2025). Taqman-probe-based multiplex real-time RT-QPCR for simultaneous detection of duck tembusu virus, novel duck reovirus, duck hepatitis a type 1 virus and duck hepatitis a type 3 virus. Poult Sci. 104(10): 105508. Stadhouders R., Pas S.D., Anber J., Voermans J., Mes T.H. & Schutten M. (2010). The effect of primer-template mismatches on the detection and quantification of nucleic acids using the 5' nuclease assay. J Mol Diagn. 12(1): 109-17. Tran G.T.H., Mai N.T., Bui V.N., Dao T.D., Trinh D.Q., Vu T.T.T., Le V.P. & Van Dong H. (2022). Duck circovirus in northern Vietnam: genetic characterization and epidemiological analysis. Archives of Virology. 167(9): 1871-1877. Varga-Kugler R., Marton S., Thuma A., Szentpali-Gavaller K., Balint A. & Banyai K. (2022). Candidate 'Avian orthoreovirus B': An emerging waterfowl pathogen in Europe and Asia? Transbound Emerg Dis. 69(5): e3386-e3392. Vasserman Y., Eliahoo D., Hemsani E., Kass N., Ayali G., Pokamunski S. & Pitcovskiad J. (2004). The influence of reovirus sigma C protein diversity on vaccination efficiency. Avian Dis. 48(2): 271-8. Vu T.N., Le V.T., Cao T.B.P., Nguyen V.G. & Huynh T.M.L. (2025). Novel Reoviruses of Waterfowl Origin in Northern Vietnam: A Laboratory Investigation. Microbiology Research. 16. Wang D., Shi J., Yuan Y., Zheng L. & Zhang D. (2013). Complete sequence of a reovirus associated with necrotic focus formation in the liver and spleen of Muscovy ducklings. Vet Microbiol. 166(1-2): 109-22. Yun T., Yu B., Ni Z., Ye W., Chen L., Hua J. & Zhang. C. (2014). Genomic characteristics of a novel reovirus from Muscovy duckling in China, Vet Microbiol. 168(2-4): 261-71. Zhang Y., Liu M., Shuidong O., Hu Q.L., Guo D.C., Chen H.Y. & Han Z. (2006). Detection and identification of avian, duck, and goose reoviruses by RT-PCR: goose and duck reoviruses are part of the same genogroup in the genus Orthoreovirus. Archives of Virology. 151(8): 1525-1538.