PHÂN TÍCH TRÌNH TỰ GEN S1 CỦA CHỦNG VIRUS GÂY BỆNH VIÊM PHẾ QUẢN TRUYỀN NHIỄM PHÂN LẬP ĐƯỢC TẠI HUYỆN BA VÌ, HÀ NỘI NĂM 2014

Ngày nhận bài: 28-08-2017

Ngày duyệt đăng: 25-10-2017

Ngày xuất bản: 06-08-2025

DOI: https://doi.org/10.31817/tckhnnvn.2017.15.8.

Lượt xem

0

Download

0

Số: Tập 15 Số 8 (2017)

Chuyên mục:

CHĂN NUÔI – THÚ Y – THỦY SẢN

Cách trích dẫn:

Loan, N., Bắc, L., Hương, L., Hương, L. ., Thái, T., & Phan, L. (2025). PHÂN TÍCH TRÌNH TỰ GEN S1 CỦA CHỦNG VIRUS GÂY BỆNH VIÊM PHẾ QUẢN TRUYỀN NHIỄM PHÂN LẬP ĐƯỢC TẠI HUYỆN BA VÌ, HÀ NỘI NĂM 2014. Tạp Chí Khoa học Nông nghiệp Việt Nam, 15(8), 1002–1013. https://doi.org/10.31817/tckhnnvn.2017.15.8.

PHÂN TÍCH TRÌNH TỰ GEN S1 CỦA CHỦNG VIRUS GÂY BỆNH VIÊM PHẾ QUẢN TRUYỀN NHIỄM PHÂN LẬP ĐƯỢC TẠI HUYỆN BA VÌ, HÀ NỘI NĂM 2014

Nguyễn Thị Loan 1, 2, 3, 4 , Lê Trần Bắc 1, 2, 3, 4 , Lại Thị Lan Hương 1, 2, 3, 4 , Lê Huỳnh Thanh Hương 1, 2, 3, 4 , Thân Văn Thái 1, 2, 3, 4 , Lê Văn Phan (*) 1, 2, 3, 4

  • Tác giả liên hệ: [email protected]
  • 1 Khoa Thú y, Học viện Nông nghiệp Việt Nam
  • 2 Công ty cổ phần tập đoàn DABACO Việt Nam
  • 3 Cục Kiểm dịch Động vật và Thực vật, Hàn Quốc
  • 4 Khoa Nông nghiệp công nghệ cao và Công nghệ sinh học, Đại học Nguyễn Tất Thành

    • Từ khóa

    Vi rút viêm phế quản truyền nhiễm, S1 gen, Q1-like

    Tóm tắt


    Nghiên cứu về dịch tễ học phân tử trên cơ sở giải mã và phân tích trình tự gen S1 của các chủng vi rút viêm phế quản truyền nhiễm (Infectious bronchitis viruses, IBVs) trên thế giới cho thấy sự đa dạng di truyền của IBVs đã và đang lưu hành, đặc biệt đã có nhiều biến chủng mới được phân lập. Trong nghiên cứu này chúng tôi tiến hành giải mã và phân tích trình tự gen S1 của chủng IBV ck/VN/VNUA-HN01/2014 (VNUA-HN01), phân lập được tại huyện Ba Vì, Hà Nội năm 2014. Kết quả phân tích cây phả hệ cho thấy chủng VNUA-HN01 nằm trong phân nhóm Q1-like cùng với các chủng phân lập được tại Trung Quốc (DY09, LDL/97, LDL/98, Q1, G2, SCLS/140104, LSD/08-10 và Chongqing 0908) và Italy (Italy/I2022). Kết quả so sánh trình tự nucleotide (nt) và amino acid (aa) giữa chủng VNUA-HN01 với các chủng IBVs tham chiếu cùng phân nhóm cho tỷ lệ tương đồng cao, lần lượt là 99,6 - 99,9% và 99,3 - 100%. Ngược lại, tỷ lệ tương đồng thấp về nt và aa của chủng VNUA-HN01 khi so sánh với các chủng vắc xin IBVs (IB 4/91 và Ma5) đang sử dụng phổ biến ở Việt Nam lần lượt là 72,6 - 75% và 71,2 - 73,2%.

    Tài liệu tham khảo

    Adams, M.J., Lefkowitz, E.J., King, A.M., Harrach, B., Harrison, R.L., Knowles, N.J., Kropinski, A.M., Krupovic, M., Kuhn, J.H., Mushegian, A.R., Nibert, M., Sabanadzovic, S., Sanfacon, H., Siddell, S.G., Simmonds, P., Varsani, A., Zerbini, F.M., Gorbalenya, A.E. and Davison, A.J. (2016). Ratification vote on taxonomic proposals to the International Committee on Taxonomy of Viruses. Arch. Virol., 161: 2921-49.

    Bande, F., Arshad, S.S., Omar, A.R., Bejo, M.H., Abubakar, M.S., Abba, Y. (2016). Pathogenesis and Diagnostic Approaches of Avian Infectious Bronchitis. Adv. Virol., 4621659.

    Bich, T.N., Khanh, N.P., Dung, P.H., Loan, N.T.C. (2017). Molecular characterization of infectious bronchitis virus (IBV) isolated from commercial chicken farms. Can Tho University Journal of Science, 6: 56-62.

    Cavanagh, D. (1983). Coronavirus IBV: further evidence that the surface projections are associated with two glycopolypeptides. J. Gen. Virol., 64: 1787-1791.

    Cavanagh, D. (2007). Coronavirus avian infectious bronchitis virus. Vet. Res., 38: 281-297.

    Cavanagh, D. and Davis, P.J. (1986). Coronavirus IBV: removal of spike glycopolypeptide S1 by urea abolishes infectivity and haemagglutination but not attachment to cells. J. Gen. Virol., 67: 1443-1448.

    Cavanagh, D., Davis, P.J., Cook, J.K., Li, D., Kant, A. and Koch, G. (1992). Location of the amino acid differences in the S1 spike glycoprotein subunit of closely related serotypes of infectious bronchitis virus. Avian. Pathol., 21: 33-43.

    Cavanagh, D. and Naqi, S. (2003). Infectious bronchitis. Diseases. of. Poultry, 11: 101-119.

    Cook, J.K., Jackwood, M. and Jones, R.C. (2012). The long view: 40 years of infectious bronchitis research. Avian. Pathol., 41: 239-250.

    Fellahi, S., Harrak, M.E., Ducatez, M., Loutfi, C., Koraichi, S.S., Kuhn, S.H., Khayi, S., Houadfi, M.D. (2015). Phylogenetic analysis of avian infectious bronchitis virus S1 glycoprotein regions reveals emergence of a new genotype in Moroccan broiler chicken flocks. Virol. J., 12: 116.

    Feng, J., Hu, Y., Ma, Z., Yu, Q., Zhao, J., Liu, X. and Zhang, G. (2012). Virulent avian infectious bronchitis virus, People's Republic of China. Emerg. Infect. Dis., 18: 1994-2001.

    Feng, K., Xue, Y., Wang, F., Chen, F., Shu, D. and Xie, Q. (2014). Analysis of S1 gene of avian infectious bronchitis virus isolated in southern China during 2011-2012. Virus. Genes., 49: 292-303.

    Hall, T.A. (1999). BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT. Nucl. Acids. Symp. Ser., 41: 95-98.

    Hodgson, T., Britton, P. and Cavanagh, D. (2006). Neither the RNA nor the proteins of open reading frames 3a and 3b of the coronavirus infectious bronchitis virus are essential for replication. J. Virol., 80: 296-305.

    Huỳnh Thị Mỹ Lệ và Lê Văn Phan. (2014). Một số biểu hiện lâm sàng và kết quả chẩn đoán ổ dịch ở đàn vịt trời (Anas platyrhynchos). Khoa học kỹ thuật Thú y, 21: 59-67.

    Jackwood, M.W. (2012). Review of infectious bronchitis virus around the world. Avian. Dis., 56: 634-41.

    Kumar, S., Stecher, G. and Tamura, K. (2016). MEGA7: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 7.0 for Bigger Datasets. Mol. Biol. Evol., 33: 1870-1874.

    Liu, S. and Kong, X. (2004). A new genotype of nephropathogenic infectious bronchitis virus circulating in vaccinated and non-vaccinated flocks

    in China. Avian. Pathol., 33: 321-327.

    Loan, N.T., Quyền, L.Đ., Quân, D.H., Thanh Phương, L.H., Hiên, N.B., Phan, L.V. (2016). Ứng dụng kỹ thuật RT-PCR để chẩn đoán bệnh viêm phế quản truyền nhiễm (infectious bronchitis) ở gà đẻ trứng tại một số tỉnh phía Bắc Việt Nam. Vietnam J. Agri. Sci., 14: 1387-1394.

    Pickett, B.E., Greer, D.S., Zhang, Y., Stewart, L., Zhou, L., Sun, G., Gu, Z., Kumar, S., Zaremba, S., Larsen, C.N., Jen, W., Klem, E.B., Scheuermann, R.H. (2012). Virus pathogen database and analysis resource (ViPR): a comprehensive bioinformatics database and analysis resource for the coronavirus research community. Viruses, 4: 3209-3226.

    Promkuntod, N. (2016). Dynamics of avian coronavirus circulation in commercial and non-commercial birds in Asia-a review. Vet. Q., 36: 30-44.

    Trà An, V.T., Kim Yến, N.T., Dũng, H.H. (2012). Phân lập, định serotype virut viêm phế quản truyền nhiễm từ gà thịt. Khoa học kỹ thuật thú y, 19: 5-9.

    Valastro, V., Holmes, E.C., Britton, P., Fusaro, A., Jackwood, M.W., Cattoli, G., Monne, I. (2016). S1 gene-based phylogeny of infectious bronchitis virus: An attempt to harmonize virus classification. Infect Genet Evol., 39: 349-364.

    Yan, F., Zhao, Y., Yue, W., Yao, J., Lihua, L., Ji, W., Li, X., Liu, F., Wu, Q. (2011). A Phylogenetic analysis of S1 gene of infectious bronchitis virus isolates from China. Avian Dis., 55: 451-458.