Độ dày vỏ hạt liên quan đến độ mềm của ngô nếp ăn tươi, vì vậy nghiên cứu đã đánh giá 60 dòng ngô nếp từ S6-S8. Sử dụng vi trắc kế xác định được 38/60 dòng có kiểu hình độ dày vỏ hạt phù hợp (35 - 60 µm). Sử dụng 5 cặp mồi đặc hiệu của chỉ thị phân tử SSR là umc2189-ZCT131, bmc1396-mmc0143, umc2118-bmc1325, umc1757-umc1550, umc2038-dupssr28 dò tìm QTL điều khiển độ mỏng vỏ ở 5 vùng vỏ hạt, kết quả đã nhận biết được và tương quan với kiểu hình là 21. Trong đó có 9 dòng có nguồn gốc Việt Nam (D14, 161, 21, 22, 42, 45, 60, 61, 90), 1 dòng có nguồn gốc Lào D18, 11 dòng có nguồn gốc Trung Quốc (D29, 30, 31, 52, 601, 70, 71, 72, 74, 82, 85). Chọn lọc được 7 dòng ưu tú phục vụ lai tạo tổ hợp lai: D29, 161, 71, 601, 61, 86, 74 và lai thử khả năng kết hợp bằng diallel theo mô hình Griffing 4 tạo ra 21 tổ hợp lai. Đánh giá 21 tổ hợp lai (THL), lựa chọn ra 10 tổ hợp lai chứa QTL quy định tính trạng vỏ hạt mỏng ở tất cả các vị trí là THL 1 (D29/D161), THL2 (D29/D71), THL3 (D29/D601), THL4 (D29/D61), THL5 (D29/D86), THL6 (D29/D74), THL8 (D161/D601), THL9 (D161/D61), THL16 (D601/D61), THL20 (D61/D74) và D61, 29, 161. Những dòng và tổ hợp lai này được tiếp tục đưa vào chương trình chọn tạo giống ngô nếp ăn tươi chất lượng cao ở miền Bắc, Việt Nam.