Ngày nhận bài: 25-07-2014
Ngày duyệt đăng: 13-10-2014
Ngày xuất bản: 06-08-2025
Lượt xem
Download
Cách trích dẫn:
MÔ TẢ ĐẶC ĐIỂM HÓA VÀ KHẢO SÁT SỰ BIỂU HIỆN CỦA HỌ GEN DEHYDRIN Ở CÂY QUÝT ĐƯỜNG (Citrus clementina)
Từ khóa
Biểu hiện gen, cấu trúc gen, Dehydrin (DHN), đặc trưng của gen, in silico
Tóm tắt
Tổng số 6 gen mã hóa cho các dehydrin (DHN) đã được tìm thấy trong hệ gen của cây quýt đường (Citrus clementina). Nghiên cứu này hướng tới xác định các đặc trưng lí-hóa, cấu trúc và sự biểu hiện của các DHN ở loài cây này nhờ các phương pháp in silico. Cả 6 DHN đều có tính ưa nước cao. Chỉ số béo cao của chúng gợi ý các DHN của cây quýt đường thuộc nhóm các protein ổn định với nhiệt độ cao. Hai gen CclDHN1 và CclDHN6 có vùng mã hóa liên tục trong khi bốn gen còn lại có vùng mã hóa không liên tục, một vùng không mã hóa ngăn cách hai vùng mã hóa tại vùng phân mảnh S. Từ 3 tới 6 cấu trúc xoắn a lưỡng cực được xác định trong cấu trúc không gian của chúng. Bên cạnh đó, các serin có khả năng phosphoryl hóa cũng được xác định trong vùng phân mảnh S. Chỉ có hai gen CclDHN1 và CclDHN2 biểu hiện ở nhiều loại mô khác nhau dưới các điều kiện khác nhau của môi trường.
Tài liệu tham khảo
Close T.J. (1996). Dehydrins: Emergence of a biochemical role of a family of plant dehydration proteins. Physiologia Plantarum, 97: 795-803.
Gao J., Thelen J.J., Dunker A.K. and Xu D. (2010). Musite, a tool for global prediction of general and kinase-specific phosphorylation sites. Mol. Cell Proteomics, 9: 2586-2600.
Gasteiger E., Hoogland C., Gattiker A., Wilkins M.R., Appel R.D. and Bairoch A. (2005). Protein identification and analysis tools on the ExPASy server. In The proteomics protocols handbook. Springer, pp 571-607.
Guo A.Y., Zhu Q.H., Chen X. and Luo J.C. (2007). GSDS: a gene structure display server. Yi Chuan, 29: 1023-1026.
Hanin M., Brini F., Ebel C., Toda Y., Takeda S. and Masmoudi K. (2011). Plant dehydrins and stress tolerance: versatile proteins for complex mechanisms. Plant Signaling & Behavior, 6: 1503-1509.
Hundertmark M. and Hincha D.K. (2008). LEA (late embryogenesis abundant) proteins and their encoding genes in Arabidopsis thaliana. BMC genomics, 9: 118 doi: 10.1186/1471-2164-9-118.
Kelley L.A. and Sternberg M.J. (2009). Protein structure prediction on the Web: a case study using the Phyre server. Nat. Protoc., 4: 363-371.
Liu C.C., Li C.M., Liu B.G., Ge S.J., Dong X.M., Li W., Zhu H.Y., Wang B.C. and Yang C.P. (2012). Genome-wide Identification and Characterization of a Dehydrin Gene Family in Poplar (Populus trichocarpa). Plant Molecular Biology Reporter, 30: 848-859.
Rorat T. (2006). Plant dehydrins - Tissue location, structure and function. Cellular & Molecular Biology Letters, 11: 536-556.
Rorat T., Grygorowicz W.J., Irzykowski W. and Rey P. (2004). Expression of KS-type dehydrins is primarily regulated by factors related to organ type and leaf developmental stage during vegetative growth. Planta, 218: 878-885.
Wang X.S., Zhu H.B., Jin G.L., Liu H.L., Wu W.R. and Zhu J. (2007). Genome-scale identification and analysis of LEA genes in rice (Oryza sativa L.). Plant science : an international journal of experimental plant biology, 172: 414-420.
Yang Y., He M., Zhu Z., Li S., Xu Y., Zhang C., Singer S.D. and Wang Y. (2012). Identification of the dehydrin gene family from grapevine species and analysis of their responsiveness to various forms of abiotic and biotic stress. BMC Plant Biol., 12: 140 doi:10.1186/1471-2229-12-140.